11月29日，穆沙拉夫以平民身份就任新一届总统，开始下一个5年任期。巴基斯坦国防部此前已经发布通告，宣布穆沙拉夫辞去陆军参谋长一职。
当天，最高法院首席大法官多加尔为穆沙拉夫主持新一届总统宣誓就职仪式，出席宣誓就职仪式的包括看守政府总理苏姆罗、前总理阿齐兹、联邦部长、四省的省长和首席部长以及新上任的陆军参谋长基亚尼等政府要员。穆沙拉夫身着巴基斯坦黑色传统束腰外衣。在宣誓时，他发誓将会“竭尽所能保卫自己的国家”。据悉，巴基斯坦政府邀请了社会各界名流参加了穆沙拉夫当天的就职仪式。
此前，反对党派一直以身兼军职不得参加总统竞选为由反对穆沙拉夫参选，甚至穆沙拉夫在10月6日总统选举中获胜后，由于面临参选资格的诉讼，选举结果迟迟不能正式公布。
直到本月23日，巴最高法院裁决穆沙拉夫参选资格合法，但最高法院要求穆沙拉夫在宣誓就职之前辞去军职。对于穆沙拉夫辞去军职的决定，巴最大反对党人民党领导人、前总理贝·布托对此表示欢迎。她在接受采访时表示，这是一个积极的举动。
另一反对党穆斯林联盟(谢里夫派)领导人、前总理纳瓦兹·谢里夫也表示，穆沙拉夫辞军职将会带来很大不同，但还应做出更多努力。
美国方面也表示，穆沙拉夫“采取了一些积极的举措”，但希望穆沙拉夫尽快结束巴目前实施的紧急状态。巴基斯坦军方则表示，穆沙拉夫辞去军职不会影响美国主导的反恐战争。
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